Minggu, 06 Juni 2010

IDENTIFIKASI MOLEKULER BAKTERI ANEMON LAUT YANG DIISOLASI DARI DANAU HAJIBUANG PULAU MARATUA KALIMANTAN TIMUR YANG MEMPUNYAI AKTIVITAS ANTIBAKTERI

Naely Kurnia W. K2D306011. Identifikasi Molekuler Bakteri Anemon Laut yang Diisolasi dari Danau Hajibuang Pulau Maratua Kalimantan Timur yang Mempunyai Aktivitas Antibakteri terhadap Vibrio parahaemolyticus . ( Pembimbing : Ocky Karna Radjasa dan Agus Sabdono )

Maratua merupakan salah satu atol di Kabupaten Berau Kalimantan Timur yang telah terbentuk menjadi pulau. Selama jutaan tahun, laguna yang tertutup dengan karakteristiknya yang unik ini mendorong proses evolusi dan adaptasi biota yang tinggal di dalamnya, sehingga membentuk suatu komunitas biota danau yang khas dan endemik. Danau di atol ini berubah menjadi danau air asin. Terumbu karangnya terdiri atas karang tepi, karang penghalang, dan karang atol (berbentuk cincin). Ekosistem karang merupakan sumber utama di dalam perburuan senyawa bioaktif. Salah satu biota yang hidup di karang yaitu anemon laut. Anemon laut merupakan inang berbagai anemonfishes dan sumber yang kaya akan senyawa bioaktif. Mikroorganisme yang berasosiasi dengan anemon tersebut biasanya menghasilkan senyawa yang sama persis atau hampir sama dengan senyawa yang dihasilkan oleh inangnya.
Tujuan penelitian ini adalah mengisolasi, menyeleksi berdasarkan aktivitas antibakteri terhadap Vibrio parahaemolyticus dan mengidentifikasi isolat bakteri terpilih secara molekuler berbasis PCR 16S rDNA dan mendeteksi keberadaan gen PKS dan NRPS yang bertanggungjawab dalam mengkode serangkaian enzim penghasil metabolit sekunder bakteri anemon laut yang diisolasi dari berbagai jenis anemon laut di danau Hajibuang Pulau Maratua Kab Berau Kalimantan Timur.
Penelitian ini dilaksanakan pada Bulan Septembar 2007- September 2008. Isolasi bakteri dan uji sensitivitas antibakteri dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Ilmu Kelautan dan studi molekuler bakteri dilakukan di Laboratorium CMRS(Center for Marine Resourches Study)Semarang. Sequensing dilakukan di Laboratorium Rekayasa Genetika, Balai Bioteknologi BPPT, Serpong. Sampel anemon laut diambil dari danau Hajibuang Pulau Maratua Kab Berau Kalimantan Timur. Bakteri uji yang digunakan diperoleh dari koleksi Laboratorium CMRS (Center for Marine Resourches Study) Semarang. Metode yang digunakan adalah eksperimental laboratoris.
Dari penelitian ini diperoleh sembilan isolat bakteri dari jenis Entacmaea medusivora dan hanya satu bakteri yang menunjukkan aktivitas antibakteri. Hasil identifikasi molekuler memperlihatkan bahwa bakteri BNL 2.1 memiliki homologi sebesar 99 % dengan Brachybacterium rhamnosum. Hasil amplifikasi fragmen gen PKS dan NRPS memperlihatkan bahwa bakteri tersebut memiliki fragmen gen PKS.

Kata kunci : Identifikasi Molekuler, PCR, Gen NRPS dan PKS , Antibakteri, Entacmaea medusivora, Brachybacterium rhamnosum

POTENSI BAKTERI YANG BERASOSIASI DENGAN KARANG LUNAK Sinularia sp. SEBAGAI ANTI FOULING DI LAUT

Gintung Patantis. K2D 001 279. Potensi Bakteri Yang Berasosiasi Dengan Karang Lunak Sinularia sp. Sebagai Anti Fouling di Laut
(Pembimbing : Agus Sabdono dan Ocky Karna Radjasa)


Biofouling sebagai proses penempelan organisme fouling pada berbagai struktur di laut telah menjadi persoalan besar bagi pelaku industri maritim. Aplikasi cat pelindung antifoulant dengan komponen utama logam berat mempunyai dampak yang buruk bagi lingkungan laut. Karang lunak menghasilkan metabolit sekunder dan telah menjadi target bagi sumber senyawa bioaktif. Dilaporkan bahwa terdapat asosiasi mikroorganisme dengan alga dan invertebrata yang diduga juga mensintesa metabolit sekunder seperti organisme inangnya.
Tujuan dari penelitian ini adalah mengisolasi dan seleksi bakteri yang berasosiasi dengan karang lunak Sinularia sp. yang memiliki kemampuan menghasilkan senyawa bioaktif antifoulant. Penelitian ini telah dilaksanakan pada bulan September 2005 sampai dengan Maret 2006, dengan lokasi pengambilan sampel di perairan Pulau Panjang, Jepara. Pengujian dilakukan di Laboratorim Jurusan Ilmu Kelautan FPIK UNDIP, Teluk Awur Jepara, Laboratorium Terpadu Ilmu Kelautan Semarang, Laboratorium Bioteknologi Fakultas Pertanian UGM, analisis sekuensing di Laboratorium Bioteknologi BBPT, Serpong, uji macrofouling di dermaga Teluk Awur, Jepara. Metode penelitian yang digunakan bersifat eksperimental dengan analisis data secara deskriptif.
Berdasarkan penelitian diperoleh isolat bakteri dari karang lunak Sinularia sp. sebanyak 15 sedangkan dari bakteri biofilm sebanyak 7 isolat. Sebanyak 9 isolat (60 %) mampu menghambat bakteri biofilm primer. Ekstrak dari bakteri karang lunak menghasilkan : PPSF 4 116,47 gr; PPSF 8 97, 19 gr; PPSF 13 162,43 gr. Hasil analisis molekuler memperlihatkan homologi isolat karang lunak sebagai berikut : PPSF 4 dengan Psedudiovibrio denitrificans, PPSF 8 : Arthrobacter nicotianae, PPSF 13 : Pelagiobacter variabilis, sedangkan BIO 1.1 : Pseudoalteromonas sp, BIO 1.2 : Vibrio pharahaemolyticus, BIO 1.3 : Vibrio harveyi, BIO 1.4 : Staphylococcus sciuri, BIO 2.1 : Vibrio fortis, BIO 2.2 : Tenacibaculum marilutum, BIO 2.3 : Pseudoalteromonas sp. Hasil uji makrofouling menunjukan penempelan teritip rata-rata tertinggi terdapat pada balok dengan perbandingan ekstrak dan cat sebesar 0 : 100 (tanpa ekstrak), sedangkan terendah pada balok dengan perbandingan ekstrak dan cat = 100 : 0 (tanpa cat).

Kata Kunci : Bakteri, Biofouling, Karang lunak, Sinularia sp.

BIOAKTIVITAS BAKTERI PENGABSORPSI LOGAM BERAT TEMBAGA (Cu) YANG BERSIMBIOSIS DENGAN KARANG Goniastrea sp. DARI PERAIRAN JEPARA, JAWA TENGAH

Bayu Kreshna Aditya. K2D005224. Bioaktivitas Bakteri Pengabsorpsi Logam Berat Tembaga (Cu) yang Bersimbiosis dengan Karang Goniastrea sp. dari Perairan Jepara, Jawa Tengah. (Pembimbing : Agus Sabdono dan Ocky Karna Radjasa)

Logam berat tembaga (Cu) adalah salah satu logam berat esensial yang mencemari perairan laut Indonesia. Keberadaannya di laut salah satunya dipengaruhi oleh run off limbah perindustrian, yang kemudian mencemari dan mempengaruhi keseimbangan ekosistem di laut. Eksplorasi bakteri simbion karang yang memiliki aktivitas biosorpsi terhadap logam berat Cu merupakan tahapan awal dalam pemecahan masalah pencemaran.
Penelitian ini bertujuan mengisolasi serta mengidentifikasi secara molekuler bakteri simbion karang Goniastrea sp. yang memiliki aktivitas biosorpsi terhadap logam berat tembaga (Cu).
Penelitian ini dilaksanakan pada bulan September 2008 - Juli 2009. Pengambilan sampel dilakukan pada bulan September 2008 di Perairan Jepara. Isolasi bakteri, uji sensitivitas, uji biosorpsi serta Minimum Inhibitory Concentration (MIC) dilaksanakan pada bulan September 2008 - Maret 2009 di Laboratorium Terpadu Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Diponegoro, Semarang. Uji Atomic Absorption Spectophotometry (AAS) untuk uji biosorpsi dilakukan di Fakultas MIPA, Universitas Diponegoro. Uji Karakterisasi bakteri dilakukan di Laboratorium Bioteknologi BBPAP Jepara pada bulan April 2009. PCR bakteri dilakukan di Laboratorium Bioteknologi Fakultas Pertanian, Universitas Gajah Mada, Yogyakarta. Sekuensing bakteri dilaksanakan di Laboratorium Bioteknologi Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga, Yogyakarta pada bulan Juli 2009. Metode yang digunakan pada penelitian ini adalah metode eksperimental laboratoris.
Hasil penelitian menunjukkan dari 26 isolat bakteri yang resisten terhadap logam berat Cu (tembaga), didapat satu isolat bakteri terbaik, yaitu GN10 yang menunjukkan aktivitas biosorpsi terhadap logam berat Cu sebesar 84,2% dari 5 mMol menjadi 0,79 mMol. Hasil Identifikasi menunjukkan Isolat GN 10 ini mempunyai homologi tertinggi sebesar 99 % terhadap Bacillus marismortui.


Kata kunci : Logam Berat Cu (tembaga)., Bakteri, Goniastrea sp., Biosorpsi.

ISOLASI FRAKSI GABUNGAN AKTIF AGEN ANTIBAKTERI DARI EKSTRAK KLOROFORM BAKTERI Photobacterium phosphoreum YANG BERSIMBIOSIS PADA ORGAN CAHAYA CUMI-CUMI

Mochamad Untung Kurnia Agung. K2D 001 304. Isolasi Fraksi Gabungan Aktif Agen Antibakteri dari Ekstrak Kloroform Bakteri Photobacterium phosphoreum yang Bersimbiosis pada Organ Cahaya Cumi-Cumi Loligo duvauceli
(Pembimbing : Delianis Pringgenies dan Agus Sabdono)

Salah satu penerapan penelitian di bidang bioteknologi adalah pemanfaatan produk metabolit sekunder yang dihasilkan oleh mikroorganisme sebagai bahan antibiotik. Pengembangan potensi metabolit sekunder sebagai antibiotik saat ini sangat diperlukan seiring dengan beragamnya penyakit yang disebabkan oleh bakteri. Di antara mikroorganisme yang berpotensi sebagai penghasil senyawa antibakteri adalah bakteri, termasuk bakteri simbion. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menelusuri potensi antibakteri dari metabolit sekunder yang dihasilkan oleh bakteri Photobacterium phosphoreum yang bersimbiosis pada organ cahaya cumi-cumi Loligo duvauceli.

Metode penelitian ini termasuk dalam metode eksperimental di laboratorium. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Mei – Juli 2005. Proses ekstraksi, fraksinasi, dan uji sensitivitas antibakteri dilakukan di Laboratorium Eksplorasi dan Bioteknologi Kelautan Jurusan Ilmu Kelautan FPIK UNDIP, Teluk Awur, Jepara.

Hasil penelitian menunjukkan bahwa untuk uji ekstrak kasar, diameter zona hambatan terbesar diperoleh pada uji terhadap bakteri Staphylococcus aureus pada konsentrasi 10 μg/mL pada pengamatan waktu inkubasi 24 jam yaitu sebesar (8,93  0,04) mm, sedangkan diameter rata-rata zona hambatan yang terkecil diperoleh dari uji terhadap bakteri Vibrio harveyi pada konsentrasi 1 μg/mL pada pengamatan waktu inkubasi 48 jam yaitu sebesar (8,25  0,04) mm. Dari 6 fraksi gabungan (FC) hasil fraksinasi ekstrak kasar, diketahui bahwa fraksi gabungan ke-3 (FC-3) merupakan fraksi yang paling aktif menghambat pertumbuhan keempat bakteri uji dengan diameter zona hambatan terbesar diperoleh pada uji terhadap bakteri Staphylococcus aureus pada pengamatan waktu inkubasi 24 jam yaitu sebesar (9,57  0,10) mm. Selanjutnya, dari 4 fraksi gabungan hasil fraksinasi lanjutan FC-3, diketahui bahwa fraksi gabungan ke-2 (FC-3.2) adalah fraksi yang paling aktif menghambat pertumbuhan keempat bakteri uji dengan diameter zona hambatan terbesar juga diperoleh pada uji terhadap bakteri Staphylococcus aureus pada pengamatan waktu inkubasi 24 jam yaitu sebesar (11,11  0,02) mm.


Kata kunci : Photobacterium phosphoreum, senyawa aktif, antibakteri

POTENSI BAKTERI TUMBUHAN LAMUN Halophila ovalis SEBAGAI PENGHASIL ANTIFOULANT DARI PERAIRAN LEGONLELE KARIMUNJAWA JEPARA

VITRIA BUDIYANTI. K2D006104. Potential of bacteria of seagrass Halophila ovalis as a antifoulant producer from Legonlele Karimunjawa Jepara. (Ocky Karna Radjasa and Agus Sabdono).

The rapid growth of development, making coastal areas as important areas for various development projects, such as the construction of docks, ports, power plant, as well as other coastal buildings, which generally have parts that always flooded by sea water. So far biofouling has been controlled by the using of chemical-based antifoulants, which are believed to create another environmental problem. One alternative that can be offered is the use of bacterial symbionts of seagrass ( seagrass ), particularly Halophila ovalis.
The purpose of this study are to perform bacterial isolation and screening of symbionts of the seagrass H. ovalis that have potential in producing antifouling compounds against tested biofilm-forming bacteria, which are expected to provide an alternative source as an environmentally friendly antifoulants.
The study was conducted from the month September 2008 - June 2009. Sampling was conducted in Legonlele waters, Karimunjawa, Jepara. Preparation of primary biofilms ( wooden and fiber panels ) was also conducted in the Legonlele waters, Karimunjawa, Jepara. Isolation of bacteria and testing activities were conducted at the integrated Laboratory of Marine Science UNDIP, Semarang. Moleculer works were carried out at the Laboratory of Molecular Biotechnology Faculty of Agriculture UGM Yogyakarta. Whereas DNA sequencing was performed at the Laboratory of UIN, Yogyakarta.
The results showed that from seventeen bacterial symbionts of H. ovalis only two bacteria showed antifouling activity against bacterial biofilms. Molecular test showed that two active bacteria were LLH 6, which is closely related to Bacteroidetes bacterium with high homology of 97 %, while another isolate, LHT 2, is mostly affiliated with Marine sponge bacterium ( 99 % ). On the other hand bacterial biofilms FLHH 1 and KLHH 2 were closely related to Virgibacillus salarius with homology of 98 %, respectively.

Keywords: Seagrass, Biofouling, 16S r DNA PCR, Halophila ovalis

Contact Person:
VITRIA BUDIYANTI
v.budiyanti@yahoo.com

BIOPROSPEKSI BAKTERI SIMBION PADA TUNIKATA Didemnum molle DARI PERAIRAN PULAU SAMBANGAN KARIMUNJAWA JEPARA

MIFTAHUDDIN MAJID KHOERI. K2D 004 254. Bioprospeksi Bakteri Simbion Pada Tunikata Didemnum molle dari Perairan Pulau Sambangan Karimunjawa Jepara (Ocky Karna Radjasa dan Agus Sabdono).

Terumbu karang merupakan ekosistem yang produktif dengan keanekaragaman tinggi di laut dan telah menjadi target bagi pencarian sumber senyawa bioaktif yang bermanfaat dalam dunia farmasi. Akan tetapi, masalah serius dalam pengembangan senyawa bioaktif dari invertebrata laut tersebut adalah masalah suplai, karena untuk mendapatkan sejumlah relatif kecil senyawa aktif diperlukan sejumlah besar organisme laut. Tunikata merupakan invertebrata di ekosistem terumbu karang yang banyak menghasilkan senyawa bioaktif untuk farmakologi seperti, antibakteri, antitumor dan antikanker. Dilaporkan bahwa bakteri yang bersimbiosis dengan invertebrata karang dapat mensintesis senyawa yang sama dengan inangnya. Resistensi bakteri patogen terhadap antibiotik telah menjadi masalah di dunia kesehatan.

Tujuan penelitian ini adalah mengisolasi dan mengidentifikasi mikroba yang mempunyai senyawa anti bakteri dari hasil metabolit sekundernya secara molekuler berbasis PCR 16S rDNA dan mendeteksi keberadaan gen PKS dan NRPS yang bertanggungjawab dalam mengkode serangkaian enzim penghasil metabolit sekunder dari bakteri yang berasosiasi dengan Tunikata Didemnum molle.

Penelitian ini dilaksanakan pada Bulan September 2007 – September 2008. Isolasi bakteri dan uji aktivitas antibakteri dilakukan di Laboratorium Terpadu Ilmu Kelautan Tembalang dan studi molekuler bakteri dilakukan di Laboratorium CMRS (Center for Marine Resources Study) Semarang. Sekuensing dilakukan di Laboratorium Rekayasa Genetika, Balai Bioteknologi BPPT, Serpong. Sampel Tunikata diambil dari Perairan Pulau Sambangan, Karimunjawa, Jepara. Metode yang digunakan adalah eksperimental laboratoris.

Hasil dari penelitian ini diperoleh lima belas isolat bakteri yang bersimbiosis dengan Tunikata Didemnum molle dan hanya satu bakteri yang menunjukkan aktivitas antibakteri terhadap bakteri Escherichia coli dan Staphylococcus sp. Hasil identifikasi molekuler memperlihatkan bahwa bakteri TS2A5 dan memiliki homologi sebesar 99 % dengan Virgibacillus marismortui strain GSP17 16S ribosomal RNA gene. Hasil amplifikasi fragmen gen PKS dan NRPS memperlihatkan bahwa bakteri tersebut hanya memiliki fragmen gen NRPS.

Kata kunci: Tunikata, PCR 16S rDNA, Gen NRPS dan PKS, Antibakteri, Didemnum molle, Escherichia coli, Staphylococcus sp

Contact Person:
MIFTAHUDDIN MAJID KHOERI
m.majid@yahoo.co.id